В то время как достигнут значительный прогресс в понимании функции энзимов, которые конъюгируют ubiquitin с белками мишенями, мало известно о тех, что устраняют эту пост-трансляционную модификацию - deubiquitylating enzymes (DUBs). Wade Harper с коллегами описывают глобальный протеомный анализ, который идентифицировал 774 кандидата на роль взаимодействующих белков с 75 из ~95 DUBs? которые кодируются геномом человека.
Используя меченные версии DUBs, авт. очищали DUB-взаимодействующие комплексы из клеточной линии человека и анализировали их с помощью жидкостной хроматографии вместе с масс-спектрометрией. Чтобы оценить протеомные данные они разработали программу для сравнительного протеомного анализа (CompPASS), которая использует беспристрастный метод для идентификации high-confidence candidate interacting proteins (HCIPs) и облегчает функциональное вычленение сетей взаимодействия.
Анализ онтологии генов, исследования по субклеточной локализации и инструменты базы данных по межбелковым взаимодействиям CompPASS были использованы, чтобы связать DUBs и 774 идентифицированных HCIPs с основными клеточными функциями, такими как реакция на повреждения ДНК, транскрипцию, процессинг РНК, оборот белка и ассоциированная с эндоплазматическим ретикулёмом деградация (ERAD). Очевидно, что 26 DUBs ассоциируют с белковыми доменами, которые обнаруживаются в различных E3 ubiquitin ligases (энзимы, которые конъюгируют ubiquitin с субстратами), которые, как полагают, осуществляют перекрестную регуляцию между путями ubiquitylation и deubiquitylation.
Чтобы показать ценность набора данных для предсказания функций DUBs и аккуратности программы CompPASS, авт. изучили ubiquitin-специфическую protease 13 (USP13), DUB с неизвестной функцией, и её HCIPs более детально. USP13 взаимодействует с p97 и др. p97-взаимодействующими белками, которые выполняют важную роль в ERAD. Нокдаун USP13 с помощью y small interfering RNA вызывает накопление модельного ERAD субстрата и увеличивает чувствительность клеток к лекарствам, которые стимулируют клеточную гибель благодаря реакции на не расправленные белки. Итак, как и предсказывалось CompPASS, USP13 действует на пути ERAD.
Большинство вопросов о биологической роли DUBs остаются без ответов, но это исследование "has allowed us to begin to define the Dub interaction landscape and to assign putative biological functions for previously unstudied Dubs."
Сайт создан в системе
uCoz